溫度的準確性是指樣品孔溫度與設定溫度的一致性，它直接關系到實驗的成敗。如果排除樣品加入過程中的問題，對于PCR反應而言zui重要的莫過于溫度控制的準確性，由于PCR是一個幾何級數(shù)擴增的過程，擴增過程中退火溫度的細微變化會被放大而直接影響結果，不論是變性、退火還是延伸都需要準確控制溫度，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要，有時1度甚至0.5度的差異也能決定實驗的成功與失敗，所謂差之毫厘，謬之千里。因而對PCR擴增儀而言溫度控制就意味著質量。

溫度的均勻性是指樣品孔間的溫度差異，它關系到在不同樣品孔進行反應結果的一致性。我們在實驗中發(fā)現(xiàn)有時用同樣的樣品，同樣的PCR反應程序，zui后的結果竟然差異非常明顯，或許就是因為不同位置的溫度不均一性所致。

溫度控制除了度，還有一個廠家喜歡大力宣傳的指標——升降溫的速度。更快的升降溫速度，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合、反應的時間，能提高PCR反應煌特異性。因此從本質而言溫控方式就從以前相對穩(wěn)定耐用的機械式轉向了升降溫更快速的半導體。除了機械本身的原因，影響升降溫速度的還有制作承托樣品管的基座模塊的材料的導熱性。

現(xiàn)在的羅氏定量PCR儀一般具有兩種溫控模式，即模塊溫控模式（Block-control）和反應管溫控模式）（tube-control）。在模塊溫控模式下，機器根據(jù)探se器直接探se的溫控模塊（即承載樣品的金屬臺）的溫度進行控制，這種模式適用于長時間的靜態(tài)孵育（如連接、酶切、去磷酸化等）。反應管溫控模式實際上是一種模擬試管/PCR板的溫控模式，根據(jù)探se器所探測到的溫控模塊的溫度由計算機計算出管內/PCR板孔內樣品液的溫度來進行控制。一般說來，試管溫控更為準確，因為管內樣品的溫度無法與溫控模塊同時達到預設溫度。特別是PCR反應中的孵育過程一般都很短暫（30秒或更短），如果采用只有模塊溫控模式的話，反應混合物孵育的時間與程序設定的時間會有相當大的差距。而反應管控制的算法能自動補償時間，而且適合各種類型的反應管，確保反應混俁物按照程序設定的時間維持預設溫度。

有的羅氏定量PCR儀廠家推出了另一種溫控方式；熱敏電極溫控模式。該方法將一個熱敏電極插入一個專門的測量管中（管中裝有礦物油），反應進行時，將該測量管插入溫控模塊的樣品進行檢測。他們認為通過此途徑可以監(jiān)測反應管內樣品的實際溫度，但這種方法未免有些華而不實；（1）測量管中礦物油的溫度變化與實際反應樣品的溫度變化未必一致；（2）因為測量管必須占用一個樣品孔，所以使用該溫控方式時就無法使用96孔PCR板作實驗。